Uma aeronave usada para "pequenos combates e demolições" aterrissa em Mãe de Deus, nome irônico de um vilarejo localizado no mais remoto afluente remanso da floresta Amazônica. Os dois aventureiros que pilotam o avião são Lewis Moon (Tom Berenger) e Wolf (Tom Waits). O funcionário do governo no vilarejo, Comandante Guzman (José Dumont), recusa o pedido de gasolina e confisca os passaportes dos pilotos e os documentos do avião, que só devolveria mediante à realização de um pequeno serviço: os aventureiros teriam de bombardear os niarunas, uma tribo primitiva cujas terras são cobiçadas por razões econômicas. Wolf e Moon são consolados por bebidas e prostitutas, até que encontram um casal de missionários fundamentalistas: o rígido Leslie Huben (John Lithgow) e sua mulher, Andy Huben (Daryl Hannah). Leslie alimenta uma desaprovação aguda pela "oposição" católica: padre Xantes (Nelson Xavier). Outro casal de missionários norte-americanos chega com seu pequeno filho para se unir aos Huben em seus esforços evangélicos. Martin Quarrier (Aidan Quinn) combina o genuíno sentimento religioso com uma aguçada simpatia pelas questões indígenas, além de ter fascinação por sua língua e cultura. Sua mulher, Hazel (Kathy Bates), é tão dura e inflexível quanto Leslie Huben em sua religião. Apesar de Martin tentar dissuadir Moon de bombardear os niarunas, Moon e Wolf deixaram Mãe de Deus na manhã seguinte. Durante a tentativa de bombardeio, sobrevoam uma pequena clareira no meio da vastidão da floresta. Vendo um jovem índio atirar flechas no avião, Moon passa por uma dramática transformação, marcada por seus profundos sentimentos de parentesco e identificação com os índios. Mesmo sob ameaça da faca de Wolf, Moon retorna a Mãe de Deus sem bombardear a aldeia.