Em 2065, a destruição reina no planeta Terra. A população foi dizimada pela queda de um meteoro que libertou milhões de criaturas alienígenas hostis. Os poucos seres humanos que sobreviveram formaram barricadas em torno das cidades restantes, mas eles não agüentarão por muito tempo. A humanidade conta com a ajuda da bela doutora Aki Ross, que está decidida a defender a Terra a todo o custo. Ela guarda consigo um segredo para destruir os aliens, mas precisa coletar oito espíritos para que isso aconteça. Mas um aliado seu, o General Hein, tem outros planos: ele defende o uso de seu canhão que destruirá o inimigo, mas levará junto o planeta inteiro. É uma corrida contra o tempo e a derrota significará a destruição da humanidade.
Final Fantasy é totalmente feito em animação digital, com técnicas que proporcionam um realismo impressionante às imagens. Uma superprodução baseada nos jogos da Sony PlayStation.