O adolescente Jesse tem vida transformada ao fazer uma amizade com a baleia Willy. Passando o verão a bordo de um navio, Jesse auxilia pesquisadores de baleias e usa um teclado eletrônico para se comunicar com Willy, que está criando sua família. Enquanto ele e os pesquisadores ajudam as baleias, em outro barco está John, que pretende matar baleias.