Jason Bourne (Matt Damon) foi uma das vítimas da Outcome, organização que montou um esquema de uso de remédios para diminuir a dor e aumentar a força e a inteligência de seus soldados. O que o grupo não imaginava é que Bourne está vivo e se lembra de tudo o que passou, porém, não sabe de tudo e volta a ficar na mira da Outcome.