Não há dúvidas que a cena que mais gerou controvérsia é quando Feiticeira Escarlate elimina os heróis mais poderosos de outro universo, os Illuminati, sem muito esforço, com direito a situações embaraçosas como o homem mais inteligente do mundo, Reed Richards (John Krasinski), dar a dica para sua oponente de como matar um dos seus aliados, o que causa a morte de Raio Negro.

Essa cena poderia ter sido uma das mais marcantes do estúdio Marvel, mas a rapidez com que os heróis são mortos e a falta de capacidade dos Illuminati de agirem como uma equipe faz parecer, simplesmente, uma falha de roteiro. Seria uma boa ideia, se a cena tivesse sido melhor trabalhada.

Alguns amaram, seja pelas referências a animes ou pelo lado lúdico e musical da cena, outros odiaram, falhando em entender o propósito ou ver graça em uma luta onde as armas são notas musicais, tocadas, aparentemente, de modo caótico e cuja energia alimenta a magia dos dois Doutores Estranhos. Ame ou odeie, a cena da batalha musical é muito bem montada e remete a inúmeras outras obras criativas que colocam música diretamente dentro do combate. Além disso, remete ao passado elitista do próprio Stephen Strange, que, inclusive, tem um piano em sua casa e, certamente, teve aulas durante a vida.

Doutor Estranho, America Chavez e Christine Palmer fogem da Feiticeira Escarlate por um túnel e, por um momento, conseguem perder de vista a vilã após passarem uma porta blindada. Só que eles... simplesmente... param de fugir... de forma inexplicável. Impossível não ficar irritado enquanto os três ficam esperando diante da porta a vilã superar o obstáculo, ao invés de simplesmente continuarem fugindo a fim de chegarem ao seu objetivo. O que Sam Raimi estava pensando nessa hora? Ele como mestre do terror deveria saber como deixar essa cena impactante do começo ao fim e sem uma falha dessas.

Essa cena é assustadora e simplesmente incrível, embora muita gente tenha odiado. Sem falar que ela resolve um problema sem muito esforço, afinal, Wong diz que um Mestre das Artes Místicas não poderia chegar sozinho à montanha de Wundagore, então Strange dominar almas demoníacas para voar até o local foi visualmente legal e também uma boa maneira de resolver esse dilema narrativo. Foi uma pena que essa revelação tenha sido estragada nos trailers. A cena não agradou, principalmente, a  quem não gostou do aspecto cadavérico dp herói e da decisão moralmente sinistra de Strange de dominar as almas dos mortos.

No final do filme, America Chavez manda a vilã para onde ela desejava ir e Wanda encontra a si mesma. Ao invés de atacar a Feiticeira Escarlate por fazê-la matar os Illuminati e tentar roubar seus filhos, a Wanda da Terra-838 vê uma mulher com o coração partido e aflito e simpatiza com ela. Wanda mostra um momento de ternura tocando suavemente o rosto da Feiticeira Escarlate, olhando em seus olhos e deixando ela saber que seus filhos, Billy e Tommy, serão amados. Foi um dos únicos momentos do filme que pareceu realmente reconhecer e entender a dor de Wanda. Muita gente se emocionou, mas muitos acharam a resolução do conflito simplório.

Quando Strange é trazido perante os Illuminati, ele descobre que eles, não os Vingadores, são os heróis mais poderosos de seu universo, além disso, eles conhecem bem o multiverso a ponto de nomearem diversos deles. No filme, o universo do MCU foi nomeado de Terra-616 por eles e é óbvio que a Marvel Studios pretendia que essa designação numérica fosse uma homenagem aos quadrinhos da Marvel, onde o universo primário também é chamado de Terra-616. 

Entretanto, o MCU é conhecido por mudar muitos dos elementos dos quadrinhos e, nas páginas da própria Marvel, o Universo do cinema foi nomeado como Terra-199999. Como o filme nomeando o MCU como Terra-616, o longa irritou alguns fãs e ainda confundiu muitos outros. Sem falar que todo esse conceito ficou mal explicado na tela e ainda colide com a mentira contada por Mistério em Homem-Aranha: Longe de Casa, que também chama o mundo dos Vingadores de Dimensão-616, como ele poderia saber a designação que o pessoal de outro universo, dá a dimensão do MCU?

Para finalizar, a segunda cena pós-crédito é uma referência ao terror dirigido por Sam Raimi chamado Evil Dead (A Morte do Demônio), em especial quando o protagonista Ash (Bruce Campbell) tem seu braço possuído. Para a maioria do público, a cena é simplesmente uma piadinha sem graça que remete a outra piada do meio do filme, o que irritou muita gente. Mesmo quem entendeu a referência, esperava mais, sem dúvidas.