O próprio diretor Zack Snyder aparece no filme. Cerca de 15 minutos depois do início, quando Lois Lane pega seu café, você pode ver o diretor sentado na janela do estabelcimento. Snyder revelou sua participação há muito tempo, mas ela não foi para a versão do cinema.

Uma das maiores diferenças do filme é que há um novo vilão. E é o mais malvado da DC: Darkseid, uma criação do lendário Jack Kirby. Enquanto no filme de 2017 o Lobo da Estepe era essencialmente o único vilão, a nova versão deixa claro que Darkseid (interpretado por Ray Porter) é o verdadeiro poder por trás de tudo. Foi o próprio Darkseid que tentou conquistar a Terra milênios anos atrás e não Lobo da Estepe, como mostrado na versão do cinema.

Em Batman v Superman, Batman tem uma carta do Coringa em sua arma na linha do tempo do futuro distópico. Nunca foi explicado o porquê, mas o Snyder Cut revela que significa uma trégua entre Batman e o Coringa. Enquanto o Batman tiver a carta, o cessar-fogo será válido. Já o vilão vivido por Jared Leto tem um novo visual, com emblemas da polícia presos no uniforme. Snyder disse à Vanity Fair que "Ele tem toneladas de emblemas. Esses são seus troféus." 

No final de Batman Vs Superman, o mundo lamenta a morte do Homem de Aço. No novo filme, vemos banner de um S branco em um fundo preto pendurado na A Ponte da Torre de Londres, uma homenagem ao uniforme usado pelo herói quando ele voltou à vida nos quadrinhos. Essa mesma roupa aparece mais tarde na Liga da Justiça de Zack Snyder e Superman o usa para mostrar seu novo estado de espírito.

Uma das maiores mudanças na Liga da Justiça de Zack Snyder é a revelação de que o General Swanwick, um personagem que apareceu em Homem de Aço e e Batman vs Superman e é interpretado por Harry Lennix, era na verdade o alienígena metamorfo Caçador de Marte.

O final do filme tem Batman e Mulher Maravilha planejando criar uma sede para a Liga da justiça, tradicionalmente conhecida como Sala da Justiça. Batman olha para uma sala vazia e diz "Vamos colocar uma grande mesa redonda, seis cadeiras, bem ali, mas com espaço para mais". 

Durante um flashback, vemos um membro dos Lanternas Verdes, que são os "policiais espaciais" do Universo DC, donos de anéis mágicos usados como armas. Tradicionalmente, há um Lanterna Verde na Liga da Justiça. No entanto, não há um nesse filme. Pelo menos, um deles aparece como defensor da Terra no passado. Provavelmente seu nome é Yalan Gur.

Em vários pontos do filme, Lobo da Estepe faz conferências com um ser chamado Desaad. Nos quadrinhos, ele é um torturador mestre que serve Darkseid. Ele é interpretado pelo ator inglês Peter Guinness e aparece como o principal ponto de contato do Lobo da Estepe com seu mundo natal.

O personagem de Willem Dafoe em Aquaman, Vulko, aparece na Liga da Justiça de Zack Snyder. Se suas cenas não tivessem sido cortadas, esta teria sido sua estréia no cinema. Vulko, o conselheiro do trono de Atlântida e professor de infância de Arthur, menciona o Rei Orm e o "tridente da mãe" de Arthur, ambos importantes para Aquaman.

A caixa-mãe que criou Ciborgue é rotulada como “Objeto 6-1982”, o que provavelmente é uma referência a junho de 1982, o mês em que o quadrinho que revelou sua história de origem, Tales of the New Teen Titans # 1, chegou às lojas.

Uma quantidade surpreendente de heróis da DC está morta no futuro aterrorizante no qual Darkseid conquistou a Terra e Superman sucumbiu ao controle da mente através da Equação Anti-Vida. Os heróis pretendem impedir que isso aconteça, enviando Flash de volta no tempo. No corte de Snyder, é revelado que Aquaman e Mulher Maravilha estão mortos, assim como Arlequina, interpretada por Margot Robbie em Esquadrão Suicida e Aves de Rapina. Nessa cena também vemos Mera, Flash e o Exterminador com visuais bem diferentes.

Quando Lois pega seu passe de imprensa da gaveta da mesa de cabeceira, um teste de gravidez pode ser visto lá dentro. Ela o examina demoradamente. Essa gravidez estava nos planos da DC, confirmou Zack Snyder. “Lois está grávida no final de Snyder Cut. Seria o filho de Lois e Superman, ele não tem nenhum poder, e então ele iria acabar sendo o novo Batman. Vinte anos depois, no aniversário da morte [do Batman], eles levam o jovem Bruce Kent para a Batcaverna e dizem: 'Seu tio Bruce ficaria orgulhoso se você fizesse isso. Enfim, algo assim'”, comentou o diretor.

Ryan Choi, o novo diretor de nanotecnologia da nave kryptoniana caída em Metrópolis, é mais do que aparenta. Nos quadrinhos da DC, ele é na verdade o super-herói Átomo e eventualmente se torna um membro da Liga da Justiça. Seu principal poder é a habilidade de mudar o tamanho e manipular também as dimensões de objetos. Ele pode até mesmo ficar subatômico.

Para evitar que Lobo da Estepe dê início ao reinado de terror de Darkseid, Flash usa a Força de Aceleração e faz alusão ao Ponto de Ignição. Este é o nome de uma influente série de quadrinhos estrelada pelo Flash, que mudou o universo da DC. Na série, Barry viaja no tempo para evitar a morte de sua mãe, mas cria uma realidade alternativa distópica. Nos quadrinhos, a Força de Aceleração é uma entidade mística baseada na velocidade. Ele protege Flash de quaisquer consequências negativas de corridas próximas à velocidade da luz e permite a manipulação do tempo.

No filme, o Comissário Gordon aparece e chega a conhecer a Liga da Justiça, além de ajudar com algumas informações utéis. Ele também usa bastante o Bat-sinal para chamar atenção do Homem-Morcego. Um toque sempre bem-vindo nos filmes do herói.