Ainda chefiando os rebeldes, Neo (Keanu Reeves) tem 72 horas antes que satélites descubram onde está Zion, núcleo que luta contra o domínio das máquinas. Além disso, o herói e seu colega, Morpheus (Laurence Fishburne), precisam salvar Trinity (Carrie-Anne Moss) de uma terrível premonição que Neo teve. Continuação de Matrix.