Após as emoções Nanny McPhee - A Babá Encantada, Nanny (Emma Thompson) vai trabalhar na casa de uma perturbada jovem mãe, Isabel Green, que tenta desesperadamente criar os filhos numa fazenda enquanto o marido está em combate na guerra. Mas uma vez que integra a nova família, Nanny McPhee logo descobre que os filhos da senhora Green travam sua própria batalha contra dois primos intrometidos que se mudaram para o local e se recusam a ir embora.