"Todos os personagens que nós conhecemos e amamos em Fullmetal Alchemist estão confirmados na segunda parte do filme".

Na trama do primeiro filme, depois de perderem sua mãe, Alphonse e Edward Elric tentam trazê-la de volta usando uma técnica proibida de alquimia, mas, para isso, eles precisam dar algo em troca e, assim, Ed perde sua perna e Al perde seu corpo.

A alma de Al é então presa dentro de uma grande armadura. Os irmãos então deixam a sua cidade natal em busca da pedra filosofal para restaurar seus corpos.