A história se passa um ano depois do filme original. Treinado nas artes dos ancestrais poderes aquáticos, o peixinho Pê agora pode facilmente derrotar um tubarão com as próprias nadadeiras, mantendo afastados quaisquer predadores que ameacem seus amigos e vizinhos do recife. Infelizmente, ser o único herói da cidade também tem seu preço, especialmente quando um grupo de maléficos tubarões famintos (liderado por um sujeito desagradável que Pê conhece muito bem) declara que o fim daquela região está decretado. Sozinho, talvez Pê não consiga detê-lo. Então, ele decide treinar um grupo de bravos companheiros (além do próprio filho) para combater esta ameaça cheia de dentes.