A história gira em torno dos irmãos Moisés e Ramsés. Enquanto Ramsés é criado para ser o sucessor do trono do Egito, seu amado irmão Moisés vive despreocupado. Até que descobre a verdade sobre seu passado: ele é um judeu que, quando criança, foi colocado em uma cesta e lançado ao rio para escapar de um genocídio, e o faraó Seti criou Moisés como seu filho. Transtornado, Moisés parte para o deserto, mas retorna ao Egito quando Deus lhe confia uma missão: libertar seu povo da escravidão. O Príncipe do Egito conta a história de Moisés guiando os judeus para a Terra Prometida, longe da escravidão imposta à eles no Egito pelo Faraó Ramsés.