Numa época de postura radical por parte da Igreja Católica e da Inquisição, a jovem Inés (Natalie Portman) é acusada e presa por heresia. Nem mesmo a intervenção de Frei Lorenzo (Javier Bardem) é suficiente para impedir que Inés seja torturada nos porões da Igreja. Os terríveis acontecimentos desta época sombria acabam servindo de inspiração para o pintor espanhol Francisco Goya (Stellan Skarsgärd), que coloca na tela todo o sofrimento que aflige sua mente criativa.