Em X-Men: Fênix Negra, os X-Men enfrentam seu inimigo mais formidável e poderoso: um deles, Jean Grey. Durante uma missão de resgate no espaço, Jean é quase morta quando é atingida por uma misteriosa força cósmica. Quando ela volta para casa, essa força não só a torna infinitamente mais poderosa, mas muito mais instável. Lutando com essa entidade dentro dela, Jean desencadeia seus poderes de maneiras que ela não pode compreender nem conter. Com Jean fora de controle, e ferindo aqueles que ela mais ama, ela começa a desvendar a linha que mantém os X-Men juntos. Agora, com esta família desmoronando, eles devem encontrar uma maneira de se unir, não apenas para salvar a alma de Jean, mas para salvar nosso próprio planeta de alienígenas que desejam se armar com essa força e governar a galáxia.